On dénombre plus de 250 volcans dont une vingtaine sont encore encore en activité. il sont responsables du relief accidenté de l'archipel et  résultent de la tectonique des plaques eurasienne et du pacifique. Ils ont donné naissance à des monts célèbres tel que le mont Fuji l'un des symbole japonais qui du type stratovolcanique, comme la plupart des volcans de cette zone de la ceinture de feu du pacifique, s'érige à 3 776 mètres. Les volcans les moins élevés sont en forme de dôme et sont principalement regroupés dans la préfecture de Shizuoka.

Ces grandes lames de fond (tsunami - 津波) sont souvent la résultante d'un séisme ces dernières viennent s'abattre sur les côtes de l'archipel plus généralement sur la côte est. Ce fût le cas de l'île d'Okujiri en 1993.

Le japon tremble tous les jours. Selon la légende c'est le namazu (un poisson chat géant) qui enchaîné sous les îles japonaises à un pilier de pierre prés du temple lié à la divinité kashima, tente de s'échapper. Il est possible de dénombrer plusieurs milliers de séisme par an (entre 3000 et 5000) d'intensité fort variable. Ce phénomène s'explique par la subduction de la plaque pacifique avec la plaque eurasienne. C'est la côte pacifique qui se trouve plus particulièrement exposée à ce type d'activité. Un grande partie de la ville de kobé fut ainsi détruite en 1995.

Il est aujourd'hui possible de prévenir l'arrivée de ce type de phénomène climatique grâce à une surveillance satellitaire. Les typhons (taifû), pouvant atteindre plus de 200km/h,  au plus précisément la saison des typhons (Shurin), apparaît au  mois de septembre et se termine en  octobre. En provenance de la mer des Philippines, ils se déplacent selon un axe sud/nord. Ils se produisent lorsque les eaux supérieures de la mer sont élevées. Ces vents violents, peuvent atteindre plus de 200Km/h et sont la cause d'importants dommages chaque année. Le terme Kamikaze ou vent divin fait référence aux typhons des années 1274 et 1281 qui détruisirent les flottes mongoles sur les côtes du Kyûshû évitant par la même une invasion du japon.

Fin septembre lorsque les masses d'air chaud se déplacent vers le sud c'est le début des grands vents, les typhons (taifû). Cette période se termine fin octobre et la clémence du climat se poursuit jusqu'au mois de novembre.