L’ensemble des bâtiments de la marine japonaise commence leur immatriculation par le préfixe JDS (Japanese Defense Ship) si ceux-ci  ont été mis en service avant 2008. A partir de 2008 c’est le préfixe JS (Japanese Ship) qui est utilisé. Cette évolution n’est pas simplement sémantique, elle marque toute la mutation que sont progressivement en train d’accomplir les Forces d’Autodéfense japonaises pour obtenir le statut de  « véritable armée ».

1993 est la première année, depuis  la fin de la seconde guerre mondiale, où un bâtiment de la marine japonaise se trouve officiellement déployé hors de la zone maritime japonaise. Sous pavillon des Nations-Unies, le Destroyer  DD173 classe Kongô assure une mission de maintient de la paix au Cambodge.

De 2001 à 2008, la JMSDF participe activement aux opérations de prévention du transport illégal d’armes, de drogues et de fonds destinés au financement du terrorisme dans l’Océan Indien (Operation Enduring Freedom-Maritime Interdiction Operation - OEF-MIO).

La JMSDF participe régulièrement à des exercices réunissant  plusieurs puissances militaires comme :

 - depuis 1980 le « Rim of the Pacific Exercise » (RIMPAC) organisé sous la houlette des Etats-Unis ;

- depuis 2002 le Pacific Reach: exercice sous-marin de secours. En 2002, le Japon fut le pays organisateur ;

- depuis 2004 le Pacific Shield (PSI). En 2007, le Japon le pays organisateur.

Les forces navales d’autodéfense japonaise (MSDF ou JMSDF) sont l’un des 3 corps constituant les « Forces d’Autodéfense » (FAD) japonaises.  Depuis le 24 mars 2008, cette force (Kaijō Jieitai -海上自衛隊) est placée sous les ordres de l’amiral Keiji Akahoshi. En 2005, elle disposait de 44 327 hommes pour plus d’une centaine de bâtiments.

La marine Japonaise contemporaine  a forgé son identité dans la culture américaine de la Navy qui réorganise complètement la marine impériale et  la flotte japonaise à la fin de la seconde guerre mondiale. L’héritage militaire de cette dernière est encore aujourd’hui très présent. Le drapeau de la JMSDF est le ainsi le même que celui de la marine impériale. Certains chants martiaux sont toujours utilisés, des termes techniques sont restés identiques et les préceptes dictant la conduite des marins et servir de base  à la réflexion des cadets sont édictés par le vice amiral de l’armée impériale Hajime Matsushita … Même la recette au curry, révélée par la marine au grand public en 2008 afin d’attirer dans ses rangs de nouvelles recrues, est une tradition culinaire héritée de la marine impériale.

Les nouvelles recrues reçoivent une formation de 3 mois. Les élèves aspirant à un poste d’officier reçoivent leur instruction au sein de l’Académie de la Défense Nationale  (Bōei Daigakkō - 防衛大 学校). Cette université militaire dispense pour les élèves des 3 armes une formation de 4 années. Les  meilleurs candidats peuvent bénéficier d’un an d’enseignement à l’Ecole des aspirants officiers située sur l’île d’Etajima (江田島市). Située dans la baie d’Hiroshima, cette école se trouve dans les locaux de l’ancienne Académie Navale Impériale.,

Les forces sont réparties en 5 régions maritime ayant chacune leurs propres bases et centre de commandement régional. Le centre national de commandement est à Yokosuka.  Ce centre chapeaute les flottes situées à Kure, Maizuru, Sasebo et Yokosuka, la flotte aéronavale d’Atsugi, les deux flottes de sous-marins et dragueur de mines  de kure et  Yokosuka ainsi que le centre d’entrainement de Yokosuka.

La marine japonaise est d’une importance capitale pour l’archipel japonais. Elle trouve sa raison d’être aussi bien dans les ressorts culturels du peuple japonais que dans des considérations géographiques (isolement, dissémination et étendu du territoire) ou stratégiques (sécurisation du territoire, des voies maritimes, des sources d’approvisionnement…). Au surplus le Japon dispose de la 6^ème plus importante zone économique exclusive (4 479 358 km²) mondiale. A titre de comparaison la France et Canada possèdent respectivement  une zone économique exclusivede 11.035.000 km² et de 5.599.077 km² occupant la 2^ème  et la 5^ème place mondiale.

En plus d’une importante flotte navale (voir détail  dans le tableau ci-dessous), la marine japonaise dispose d’environ 179 avions et 135 hélicoptères (février 2006). Cette force aérienne est pour l’essentiel tournée vers des opérations anti-sous-marines et anti-mines.

La force maritime japonaise est essentiellement défensive.  A ce titre, afin de parfaire son système défensif et sans doute en réponse aux tirs de missiles nord coréens Nodong-1 en 1998 et Taepodong-1 en 1998, la marine japonaise se dote d’un navire antibalistique testé de manière concluante le 17 décembre 2007.

On estime la capacité de transport de la flotte japonaise à 432 000 tonnes (contre 109 000 tonnes pour la Corée du Nord et 1 070 000 tonnes pour la Chine).