- Les protestants: historiquement implantés au Japon de par la présence hollandaise. Population beaucoup plus marchande que prosélyte qui fut tolérée pendant toute la période d'isolationnisme. Le protestantisme connu un regain "d'activité" avec l'arrivé au XIXème sicle de missionnaires américains.
- Les orthodoxes : fort peu nombreux. Il existe à Tôkyô une cathédrale orthodoxe, la cathédrale Nikolai.
Bien que ne souffrant plus de persécution, le christianisme vers la fin du XIX ème ne se développa que fort peu. L'état Japonais préférant encourager le Shintô comme religion d'état, l'esprit nationaliste de l'époque étant fort peu favorable à l'implantation de "croyances" étrangères. En 1930 l'ensemble des religions chrétiennes furent rassemblées au sein de "l'association japonaise des chrétiens catholiques"
Les chrétiens toute confessions confondues au japon représentent environ 1% de la population.
L'islam n'est pas vraiment représenté dans l'archipel mais tend depuis quelque années à se développer surtout par la voie de l'immigration. Il existe une mosquée à Tôkyô pour environ 45 000 fidèles que compte l'archipel.