Le caractère sacré des lieux est aussi indiqué par la présence de shimenawa (corde de chanvre tressée) et de gohei (guirlande de papier plié en zigzag).
Le Honden, l'édifice le plus important, abrite un ou plusieurs kami. Il n'est pas destiné à recevoir les fidèles, ceux-ci font tinter une cloche et/ou frappent dans leurs mains (pour attirer l'attention du kami), de s'incliner respectueusement (en psalmodiant éventuellement) tout en jetant une offrande.
Les fidèles se purifient avec de l'eau avant de se présenter devant le/les kami.
(Une fontaine, souvent fort artistique, est à la disposition des fidèles. Une louche avec un long manche (hishaku) permet de recueillir l'eau pour se laver les mains et/ou la bouche. Nota: Il est conseillé de récupérer l'eau qui sort directement de la fontaine)
Sont conservés dans le Honden, l'image et le miroir du kami consacré (mitamashiro, goshintai).
le plus souvent en face de le Honden se trouve le Haiden une sorte d'oratoire réservé aux prêtes.
Il peut exister des petits sanctuaires périphériques d'importance moindre appelés Massha.
(Une boutique est en général présente au sein du sanctuaire et propose moyennant finance toutes sortes de services: souvenirs, charmes et prédictions).