Le marché japonais des biotechnologies était évalué à 1759 milliards de Yens (environ 13 Mds €) en 2005, soit le deuxième marché au monde, derrière les Etats-Unis, favorisé notamment par un puissant secteur pharmaceutique (également à la 2ième place mondiale avec un CA de 54 Mds $ en 2004) et des investissements annuels en R&D maintenus à haut niveau (3,5% du PIB). Au Japon, les biotechnologies se répartissent surtout entre le secteur médical (31%), l’agro-alimentaire (30%) et la chimie-environnement (26%).
En ce qui concerne les brevets, le Japon se classe en 2ième position, devant l’Europe, avec 23% des enregistrements, principalement dans les domaines du génome, du génie génétique, des enzymes, des protéines, des recherches en biochimie et en bio-informatique. Par ailleurs, selon les statistiques du METI (Ministère de l’Economie, du Commerce et de l’Industrie), plus de 1220 entreprises déployaient des activités liées aux biotechnologies en 2004, dont 450 dans l’agro-alimentaire et 284 dans la pharmacie. Il convient également de mentionner les secteurs de l’électronique/informatique (207) et de la chimie (97).
Enfin, la politique de promotion des clusters (pôles de compétitivité technologiques), lancée en 2001, qui favorise notamment les innovations dans le domaine médical, avec entre autres la création d’incubateurs et le développement des spin-offs d’universités et de laboratoires publics, a conduit à une forte croissance du nombre de jeunes pousses dans le domaine des biotechnologies.