La restauration ne sera que de courte durée dès 1336 Ashikaga Takauji se retourne contre les troupes impériales qu'il vainc et établit son "gouvernement militaire" à Kyôto dans le quartier de Muromachi (la cour du nord Hokuchô). Le pouvoir impérial et sa cour se réunit au sud (Nanchô). Cette guerre civile larvée se prolongera jusqu'en 1392.
Cette période qui s'achèvera en 1576 est une alternance de famines, de guerres claniques et ou de succession (guerre d'Ônin (1467 à 1477)).
1543 les premiers européens (Portugais) débarquent à Tanegashima et avec eux les premières armes à feu, les arquebuses. Armes qui seront utilisées en 1568 par Oda Nobunaga qui deviendra Shôgun avant de se suicider en 1582.
1549 Arrivée de François-Xavier à Kyûshû prêtre jésuite.
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