Le pôle dédié aux affaires internes est composé d’un secrétariat, de 5 bureaux et de 2 départements.
- Le secrétariat est nommé « Secrétariat du Grand Sénéchal » (長官 官房). Lui est dévolu l’ensemble des charges administrative de la maison impériale. Le Secrétariat du Grand Sénéchal comprend la Division du Secrétariat (auquel est rattaché le bureau de la Recherche et de la Planification), la Division des Affaires générales (comprenant notamment le Bureau des Relations publiques), la division des approvisionnements, la Division des Finances, la Division des Affaires des Maisons des Princes impériaux (groupant les superviseurs des maisons princières) et l'Hôpital de la Maison impériale.
- Les Bureaux de la maison impériale.
Le Bureau des Chambellans (侍従職). Ce bureau, sous la houlette d’un grand Chambellan (侍従長), gère le quotidien du couple impérial, de leurs enfants mineurs et des princesses impériales jusqu’à leur mariage. Le grand Chambellanest secondé en sa tache par :
- un Vice Grand-Chambellan (qui supervise l’ensemble des domestiques ou chambellans) pour tout ce qui relève des travaux domestiques et l’instruction des enfants de l’Empereur;
- une Première dame de compagnie (Jokanchō - 女官長) qui gère l’ensemble des personnels au service de l’impératrice et de ses filles ;
- un Médecin en chef (Jiichō- 侍医長) qui gère les médecins en charge du suivi du couple impérial.
Le Bureau des Cérémonies (Shikibu-shoku - 式部 職). Ce bureau est dirigé par un Grand Maître des Cérémonies (Shikibu Kanchō - 式 部官長) assisté par deux Vice Grand-Maître des Cérémonies ayant chacun un périmètre d’action précis. L’un est en charge de la partie officielle (réception des ambassadeurs étrangers, visite impériale hors du territoire) l’autre gère les cérémonies ayant un caractère plus culturel (théâtre, musique, chasse,…).
Le Bureau du Prince héritier (Tōgū-shoku - 東宮職). Ce bureau aussi nommé bureau du Tōgū est, en ses services et son fonctionnement, la réplique quasi exacte du Bureau des Chambellans. Les deux bureaux se distinguent en ce que le bureau du Tōgū n’est pas au service du couple impériale mais au service du prince héritier, de son épouse, de leurs enfants mineurs et de leurs filles jusqu’à leur mariage.
Le Bureau de Kyôto : Ce bureau est spécifiquement dédié à la gestion du patrimoine immobilier de la couronne au sein de la ville de Kyôtô. Ce patrimoine est constitué des sanctuaires Furuichi, Momoyama, Tsukinowa, Unebi et desPalais impériaux de Katsura (Katsura rikyū - 桂離宮), Kyōto-gosho (京都御所), Shugakuin, ômiya et Sentô.