1993 est la première année, depuis la fin de la seconde guerre mondiale, où un bâtiment de la marine japonaise se trouve officiellement déployé hors de la zone maritime japonaise. Sous pavillon des Nations-Unies, le Destroyer DD173 classe Kongô assure une mission de maintient de la paix au Cambodge.
De 2001 à 2008, la JMSDF participe activement aux opérations de prévention du transport illégal d’armes, de drogues et de fonds destinés au financement du terrorisme dans l’Océan Indien (Operation Enduring Freedom-Maritime Interdiction Operation - OEF-MIO).
La JMSDF participe régulièrement à des exercices réunissant plusieurs puissances militaires comme :
- depuis 1980 le « Rim of the Pacific Exercise » (RIMPAC) organisé sous la houlette des Etats-Unis ;
- depuis 2002 le Pacific Reach: exercice sous-marin de secours. En 2002, le Japon fut le pays organisateur ;
- depuis 2004 le Pacific Shield (PSI). En 2007, le Japon le pays organisateur.
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